O Grupo Operacional divide-se em 8 fases:
Fase 1. Coordenação da parceria
Fase 2. Caracterização da situação anual
Fase 3. Modelação da água disponível e respectiva qualidade
Fase 4. Calibração e validação dos modelos de qualidade e qualidade da água
Fase 5. Modelação meteorológica de alta resolução
Fase 6. Desenvolvimento da interface gráfica
Fase 7. Análise dos caudais e definição do regime de caudais ecológicos (RCE)
Fase 8. Disseminação e divulgação dos resultados